Его прозвищем в команде McLaren, с которой он начал свое выступление в Формуле-1, было «Флетчер» — в честь отважного птенца чайки из повести «Чайка по имени Джонатан Ливингстон», который пытался летать, когда был слишком мал, и постоянно бился о скалы.

Ранняя карьера южноафриканца в Формуле-1 была, безусловно, зрелищной. Ему было всего 23 года, когда он лидировал в своем третьем в жизни гран-при (1973 года во Франции) на протяжении многих кругов, а затем столкнулся с действующим чемпионом мира Эмерсоном Фиттипальди. На следующей гонке, Гран-при Великобритании в Сильверстоуне, он спровоцировал одну из самых крупных и драматичных высокоскоростных аварий в истории Формулы-1, потеряв управление на скорости 160 миль в час. Девять машин выбыли из гонки. Сразу после аварии менеджер команды приказал ему спрятаться в автодоме, потому что другие гонщики хотели его убить. Он был отстранен от участия в следующих четырех гран-при.

Будучи очень талантливым, но по мнению некоторых соперников слишком безрассудным, Шектер изменил свой подход к гонкам после Гран-при США, последнего этапа сезона 1973 года. Во время тренировки французская звезда Франсуа Север попал в смертельную аварию. Шектер оказался первым гонщиком на месте происшествия и остановился, чтобы помочь. 

Но несчастного Севера было уже не спасти. «Он был первым умершим человеком, из тех с кем я был знаком», — позже скажет Джоди. «Внезапно я прозрел... Эй, это опасно». Незадолго до этого Шектер подписал годовой контракт с командой Tyrrell, выигравшей чемпионат мира, и как раз Север должен был стать его партнером по команде. 

После это события Шектер стал другим гонщиком. Он занял третье место в чемпионате мира 1974 года, выиграв два гран-при. В 1975 году он стал первым южноафриканцем, выигравшим свой домашний гран-при чемпионата мира. В 1976 году он снова занял третье место в чемпионате, уступив в напряженной борьбе за титул двум звездам, Джеймсу Ханту и Ники Лауде. В 1977 году он стал вторым, уступив только Лауде и Ferrari.

В своем успешном сезоне 1979 года, управляя Ferrari 312T4, он победил в Бельгии и Монако, а затем, под занавес чемпионата, выиграл Гран-при Италии в Монце. Его партнер по команде Жиль Вильнев занял второе место в гонке и в чемпионате. Таким образом, Ferrari сделала дубль. Теперь Шектер был осторожным гонщиком, а Вильнев — эпатажным сорвиголовой. Прозвище «Флетчер» было забыто. В Ferrari его ласково называли «Медвежонок» за мускулистое телосложение и густые вьющиеся волосы.

Эта победа в Монце стала последней для Шектера. После неудачного сезона 1980 года он решил уйти из автоспорта в возрасте 30 лет. Шектер сказал об этом Энцо Феррари в июле и сразу же сделал заявление для прессы, но продолжил выступать за команду до конца сезона. Больше он никогда не участвовал в гонках.