Il tracciato è stato ridisegnato nel 2003 dall’architetto Tilke portando la sua lunghezza complessiva a 4.563 metri contro i 4.359 della versione che ospitò gare Campionato Mondiale FIA Sportprototipi dal 1982 al 1988. Il Fuji si contraddistingue per un rettilineo di oltre 1,5 km, che lo rende uno dei più lunghi del mondo. Nonostante questa sua caratteristica, la pista si segnala per una sequenza di curve veloci alternate ad altre più lente ma tutte estremamente tecniche. Tra le più significative, va citata la 300 R, da affrontare ad alta velocità. Il circuito si trova nella provincia di Shizuoka e può contare su un’ambientazione unica al mondo, con il Monte Fuji – una delle cime sacre del Giappone – sullo sfondo di molti tratti della pista.
Il tracciato originario misurava 5.999 metri e veniva percorso in senso orario, con il rettilineo di partenza nella parte sopraelevata della lunghezza di circa 1,5 chilometri. Alla fine del rettilineo era previsto l'ingresso nella velocissima curva sopraelevata “Dalichi” che risultò molto pericolosa, tanto che in un primo tempo fu invertito il senso di marcia e successivamente venne esclusa, riducendo il tracciato a 4.359 metri. Dopo una radicale ristrutturazione, il circuito è stato riaperto nel 2005. La versione attuale misura 4.563 metri. Nel corso degli anni, è stata aggiunta una pista più corta e una per il drifting.