Nel 2016 disputa il campionato IMSA SSC al volante della 488 GTE del team Risi Competizione insieme a Toni Vilander. Con quella stessa vettura è secondo alla 24 Ore di Le Mans, prendendo parte anche ad alcune gare del Blancpain Endurance Cup. L'anno seguente Fisichella conferma il programma dell’anno precedente, salendo cinque volte sul podio nell’IMSA e sfiorando il successo alla 24 Ore di Spa-Francorchamps nella serie continentale. Nel 2018 è stato impegnato nella Super Season del FIA WEC nella classe GTE-Am con la 488 GTE di Spirit of Race insieme a Francesco Castellacci e a Thomas Flohr, e ha ottenuto il secondo posto nella 24 Ore di Le Mans. Inoltre è stato in corsa fino all’ultima gara per il titolo italiano GT insieme a Stefano Gai con la 488 GT3 della Scuderia Baldini. Nel 2019 Fisichella conferma il duplice impegno nel FIA WEC con Spirit of Race e nel Campionato Italiano GT Endurance con Scuderia Baldini. Nel 2020, oltre alla partecipazione nel FIA WEC con AF Corse, Fisichella ha disputato alcune gare nel GT World Challenge Europe con Sky Tempesta Racing, imponendosi nel round di Magny Cours e chiudendo sul podio la 24 Ore di Spa.
Nel 2021 l’impegno con AF Corse è continuato nel mondiale endurance, sempre con Thomas Flohr e Francesco Castellacci, mentre nel 2022 il pilota romano approderà nel team Iron Lynx per disputare il FIA WEC assieme a Claudio Schiavoni e Matteo Cressoni.
Dopo aver disputato le ultime stagioni con i colori di AF Corse, Giancarlo Fisichella ha gareggiato nel mondiale endurance con Iron Lynx. L’esperto pilota italiano ha ottenuto buoni piazzamenti, sfiorando il podio in diverse occasioni. Fisichella ha anche disputato una gara nel Campionato Italiano GT assieme a Rubens Barrichello, aggiudicandosi il successo a Vallelunga.
Nel 2023 con un round d’anticipo rispetto al termine della stagione, sul tracciato di Monza il pilota romano ha festeggiato il titolo nel Campionato Italiano GT Endurance insieme a Tommaso Mosca. Il duo è stato protagonista dell’annata condividendo la 488 GT3 Evo 2020 della Scuderia Baldini ottenendo due successi nei primi round, a Pergusa e al Mugello, un terzo posto sul tracciato brianzolo e un secondo nell’ultimo atto andato in scena a Vallelunga.