El F50 se utilizó como plataforma para el F50 GT, que fue diseñado para las competiciones internacionales en la clase GT. Se construyeron tres unidades con la ayuda de Dallara y ATR, pero el coche fue completamente desarrollado en Ferrari. Estéticamente, los cambios más notables con respecto al coche de carretera fueron una toma de aire en el techo y un alerón trasero diferente, con un amortiguador central y un difusor posterior. Tenía el mismo motor del F50, un embrague con discos de fibra de carbono y una caja de cambios secuencial. El F50 GT registró muy buenos tiempos en Fiorano, pero el proyecto no fue continuado por Ferrari, que tenía concentradas la mayor parte de sus energías en aquel tiempo en su regreso a la Fórmula 1.