Der F50 wurde als Plattform für den F50 GT genutzt, der in den internationalen GT-Meisterschaften eingesetzt wurde. In Zusammenarbeit mit Dallara und ATR wurden drei Exemplare gefertigt, wobei der Wagen vollständig von Ferrari entwickelt wurde. Im Vergleich zum Straßenwagen hatte die Rennversion einen Lufteinlass auf dem Fach und einen anderen Heckflügel sowie einen veränderten Heckdiffusor. Die Triebwerke besaßen die gleiche Leistung mit sequentiellem Getriebe und Kohlefaser-Scheiben. Der F50 GT legte in Fiorano interessante Rundenzeigen vor, doch Ferrari verfolgte das Projekt nicht weiter, da man sich zu diesem Zeitpunkt auf das Comeback in der Formel 1 konzentrierte.